核酸凝膠染料是可用于檢測瓊脂糖和聚丙烯酰胺凝膠中雙鏈DNA(dsDNA)的靈敏的染料之一。由于核酸凝膠染料對(duì)dsDNA具有更高的靈敏度,因此其特別適合用于存在污染性RNA或ssDNA可能模糊測定結(jié)果的檢測。核酸凝膠染料具有極低的背景熒光,其光譜特性與現(xiàn)有儀器中的光源和濾光鏡套件非常匹配,這使其成為與激光掃描儀配合使用的理想選擇。
核酸凝膠染料染色方案:
我們發(fā)現(xiàn)通過后染色實(shí)現(xiàn)了最大的靈敏度,這也消除了核酸凝膠染料干擾DNA遷移的可能性。雖然預(yù)制方案更方便,但一些DNA樣本可能會(huì)出現(xiàn)遷移,強(qiáng)烈建議凝膠運(yùn)行時(shí)間不超過2小時(shí)。建議使用以下方案??赡苄枰M(jìn)行一些比較以確定哪一個(gè)更符合您的需求。
1、后染色方案:
?、俑鶕?jù)您的標(biāo)準(zhǔn)方案運(yùn)行凝膠;
?、谕ㄟ^將10000X儲(chǔ)備試劑稀釋到PH 7.5-8緩沖液中制備1X Cyber Green工作溶液;
③將凝膠放入合適的聚丙烯容器中。輕輕加入足量的1X染色溶液浸沒凝膠;
?、茉谑覝叵螺p輕攪拌凝膠約30分鐘,避光;
⑤使用254nm透射儀或使用長路綠色濾光片(如SYBR濾光片或GelStar濾光片)的激光凝膠掃描儀對(duì)染色的凝膠成像。
2、預(yù)染色方案:
?、偈褂脴?biāo)準(zhǔn)方案制備瓊脂糖凝膠溶液;
?、谠跐沧⒛z前將10000X Cyber Green原液試劑以1:10000稀釋到凝膠溶液中并充分混合;
?、鄹鶕?jù)您的標(biāo)準(zhǔn)方案運(yùn)行凝膠;
?、苁褂?54nm透射儀或使用長路徑綠色濾光片的激光凝膠掃描儀對(duì)染色的凝膠成像。
3、電泳前的DNA染色:
?、僭陔娪厩?,用1:10000稀釋的染料(TE,TBE或TAE)孵育DNA至少15分鐘。
?、诟鶕?jù)您的標(biāo)準(zhǔn)方案運(yùn)行凝膠。
?、凼褂?54nm透射儀或使用長路綠色濾光片(如SYBR濾光片或GelStar濾光片)的激光凝膠掃描儀對(duì)染色的凝膠成像。